厦门大学附属中山医院前身为厦门中山医院。1928年，为弘扬孙中山先生"天下为公，造福社会"的精神，由海外华侨和厦门市知名人士发起创办。1950年由厦门市人民政府接管后，医院规模迅速扩大，水平不断提高。1960年床位达300张。1966年"文革"期间曾更名为"白求恩医院"，1970年被撤并。

1981年厦门经济特区成立后，厦门市政府决定恢复厦门中山医院，把其作为改善特区投资环境的重点工程迁址重建。新院址占地6.1万平方米，建筑面积近9万平方米。1988年7月正式接纳病人。1999年厦门大学医学院成立后，医院即作为其教学医院。2001年，经厦门市政府确定作为厦门大学医学院第一临床医院，成为厦门大学的临床医学教学单位。2005年9月，经厦门市人民政府、厦门大学同意，并经福建省卫生厅批准，正式更名为厦门大学附属中山医院，并保留厦门中山医院为第二名称。

医院经过全体职工的艰苦创业，得到快速发展。目前已成为拥有1000张床位，1500余名员工（含高级专家190余人，硕士以上学历100余名）。年门、急诊量达130万余人次，收住病人2.7万余人次，成为集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级现代化综合性医院。

医院拥有神经内、外科、骨科、肝胆外科、消化内科、心血管内、外科、临床检验中心等市重点学科，并且在急救医学、老年康复医学、妇产科、血液内科、呼吸内科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤科、尊龙凯时外科等学科具有较强优势。拥有国际一流水平的64层螺旋容积CT、1.5T双梯度超导核磁共振仪、罗茨双模块全自动生化分析仪、双屏板双C臂血管造影机，以及ECT、DSA、DR、彩色B超、血液透析机、超声电子内窥镜等现代化仪器设备。设备总值达2.2亿元。医院与北京、上海、广州、福州等地三甲医院及美国、德国、香港等国内外著名医院建立协作关系，加强院际交流。医院拥有厦门心脏中心、厦门市临床检验中心、厦门市老年病康复研究所、厦门市消化疾病研究所等医疗科研机构。

医院每年承担200多名本科生的临床教学工作。设有《诊断学》、《内科学》、《外科学》、《妇产科学》、《儿科学》等12个教研室。拥有一支由教授、副教授、研究生导师为主要力量的200名教师队伍。每年完成本科生临床理论课、见习课约1800学时，并承担省内外大、中专院校的临床、检验、护理、药剂等专业的实习任务及临床医学研究生的教学及管理工作。每年获省、市科技进步奖3-4项，省、市、卫生局科研基金课题20余项。每年发表医学科技论文200余篇，其中有多篇被SCI、MEDLINE源期刊收录。医院职工积极开展精神文明建设，秉持"团结、敬业、求实、创新"的医院精神，坚持"以病人为中心"的宗旨，在医院改革和管理、精神文明和政治文明建设方面取得可喜成果，连续多年被评为省、市文明单位。2003年度被评为福建省抗击非典先进集体。2004年荣获全国卫生系统先进集体、2005年荣获全国精神文明建设工作先进单位光荣称号。

新世纪给医院发展带来新机遇，医院布局将按照现代医院管理和"以病人为中心"的总体思路全面调整。建筑面积达5.6万平方米的住院---医技楼群将拔地而起，医院的临床、教学、科研预防保健水平将跃上新的台阶，一所高水平人性化的绿色三甲医院将展现在世人面前。